Le club accède à l'élite en 1965, deux ans après la création du championnat professionnel, en 1963. À ce moment-là, le grand club munichois est le TSV Munich 1860 (champion en 1966) qui donne lieu à des derbys de haute qualité. Mais il se fait très vite remarquer et dépasse son rival, notamment en coupe d'Europe (victoire en coupe des coupes en 1967) et en remportant le championnat en 1969.
L'histoire du club est intimement liée à celle des trois figures emblématiques du football allemand des années 70 : Franz Beckenbauer, le génial libéro et capitaine de l'équipe d'Allemagne, Gerd Müller, l'habile chasseur de buts, et le grand gardien Sepp Maier.
A eux trois, ils forment l'ossature, aussi bien de l'équipe d'Allemagne - qui ne cesse de remporter titre sur titre (Euro 72 et Coupe du monde 74) - que du Bayern. Il succède au palmarès de la Coupe des clubs champions européens au grand Ajax Amsterdam vainqueur des trois éditions précédentes : en 1974 (face à l'Atlético de Madrid) et s'impose comme la référence en remportant de nouveau cette compétition en 1975 (face à Leeds United) et enfin en 1976 (face à l'AS Saint-Étienne). Cette année-là, le club remporte aussi sa première Coupe intercontinentale contre le club brésilien Cruzeiro EC (vainqueur de la Copa Libertadores).
Depuis les années 1990, grâce à une gestion excellente du club par ses dirigeants Karl-Heinz Rummenigge, Uli Hoeness et son président du conseil de surveillance le Kaiser Franz Beckenbauer, il est l'un des clubs les plus sains d'Europe.
Il continue de fournir la majorité des joueurs à l'équipe d'Allemagne et de faire briller l'Allemagne en Europe.
Ses caractéristiques sont des qualités souvent enviés par les plus grands clubs : condition physique irréprochable, abnégation, mental d'acier, rigueur défensive à l'allemande.
En 2007, le Bayern de Munich se décide à accueillir Franck Ribéry provenant de l'Olympique de Marseille, le montant du transfert atteignant 30 millions d'euros (16 M¤ immédiats, 10 M¤ en 2008, et 4 M¤ si le Bayern se qualifie en Ligue des Champions), ce qui constitue un record en Allemagne.
Cette saison le Bayern réalise le triplé en remportant la Coupe de la ligue face à Schalke 04, la Coupe d'Allemagne face au Borussia Dortmund et le Championnat d'Allemagne devant le Werder Brême.
Meilleur buteur Gerd Müller (401 buts)
Club fondé en 1900
Couleurs rouge et blanc
Equipementier Adidas
Stade Allianz-Arena
69 901 places
Adresse Postfach 900451
81504 Munich
Coupe Intercontinentale (2) :
Vainqueur : 1976 et 2001.
Ligue des Champions (4) :
Vainqueur : 1974, 1975, 1976 et 2001.
Finaliste : 1982, 1987 et 1999.
Coupe d'Europe des vainqueurs de coupes (1) :
Vainqueur : 1967.
Coupe UEFA (1) :
Vainqueur : 1996.
Championnat d'Allemagne (21) :
Champion : 1932, 1969, 1972, 1973, 1974, 1980, 1981, 1985, 1986, 1987, 1989, 1990, 1994, 1997, 1999, 2000, 2001, 2003, 2005, 2006 et 2008.
Vice-champion : 1970, 1971, 1988, 1991, 1993, 1996, 1998 et 2004.
Coupe d'Allemagne (14) :
Vainqueur : 1957, 1966, 1967, 1969, 1971, 1982, 1984, 1986, 1998, 2000, 2003, 2005, 2006 et 2008.
Finaliste : 1985 et 1999.
Coupe de la Ligue d'Allemagne (6) :
Vainqueur : 1997, 1998, 1999, 2000, 2004, 2007, 2008
Finaliste : 2006.
Supercoupe de RFA (3) :
Vainqueur : 1983, 1987 et 1990.
Finaliste : 1989, 1994.


